JDK
Коротко: Java Development Kit — полный набор инструментов для написания, компиляции и запуска программ на Java.
Подробнее: Содержит, среди прочего, компилятор (javac), среду выполнения (JRE с JVM) и средства отладки. Кому нужно лишь запускать готовые программы Java, достаточно JRE; для разработки требуется полный JDK.
Подробности
Связь между тремя терминами можно понять как многослойную модель.